有机废气净化系统处理后的烟气，如化工、治金等生产过程排放的含硫烟气，本身具有一定的腐蚀性。结合温度、湿度等因素的影响，其腐蚀会进一步增强，会腐蚀有机废气净化装置和管道，不仅会缩短系统的使用寿命，还会因腐蚀造成泄漏，造成污染，甚至造成中毒或爆炸等恶性事故，因此有机废气净化系统的防腐至关重要。
金属腐蚀保护膜：常用的两种金属保护膜。一是把比铁更强的电负性金属膜镀在钢材的表面上，这些金属通常容易在空气中形成固体氧化膜，以保护镀膜本身及钢材不受腐蚀。由于镀层电负性比钢材更高，当镀层被破坏时，有电解溶液的存在，在受损区域形成了原电池，从而产生电化学腐蚀，结果将首先腐蚀防腐镀膜，以防止腐蚀钢材，直到电镀完全腐蚀，钢材才开始受到腐蚀，更常见的是镀锌钢板。
非金属保护膜防腐：采用油漆及各种活动有机防腐材料，通过研究喷涂等工艺可以形成一个金属结构材料的保护层，从而能够达到防腐蚀的目的。
使用耐腐蚀材料进行防腐：寻找合适的耐腐蚀材料是一项重要的防腐措施（例如PP聚丙烯、不锈钢等）。在选择材料时，不仅要考虑材料在使用条件下的良好耐蚀性，还要考虑材料的机械强度、加工难度、耐热性和材料的来源和价格。
除了防腐蚀措施，有机废气净化系统运行的过程中，需要加强防腐的管理及有机废气处理设备的维护，只有这样才能保证不被腐蚀和正常运行的长期设备。
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